Après avoir battu Gol et Maya dans leur 1ère aventure, Jak, Daxter, Samos et Keira explore la structure de la Tour Precursor.
En ouvrant une des portes de cette tour, le groupe trouve une étrange machine entourée d'énergie.
Tout le monde est excité de cette découverte mais Samos mets en garde Jak en lui disant qu'il lui faut étudier.Bien sûr, Jak ne l'écoute pas et touche la machine. Elle se met en marche et l'énergie qui l'entoure devient de plus en plus grosse.Avant que personne ne puisse réagir, des créatures à la tête d'acier sortent du rayon provenant de la machine et semble à la recherche de quelqu'un….Ayant peu de temps pour réagir, Jak est obligé de plonger dans le rayon avec son fidèle Daxter et se retrouve 300 ans dans le futur…
Evolution graphique de JACK 2. Les missions sont intégrées dans le déroulé de l'histoire. Combinaison de plate-forme, de course, de shoot. Exclusif PS2.